عقیده جابر این بود همچنان که طبیعت می‌تواند اشیاء را به یکدیگر تبدیل کند، مانند تبدیل خاک و آب به گیاه و تبدیل گیاه به موم و عسل به‌وسیله زنبور عسل و تبدیل قلع به نقره در زیر زمین و … کیمیاگر نیز می‌تواند با تقلید از طبیعت و استفاده از تجربه‌ها و آزمایشها همان کار طبیعت را در مدت زمانی کوتاهتر انجام دهد. اما کیمیاگر برای اینکه بتواند یک شیء را به شیء دیگر تبدیل کند، به‌وسیله‌ای نیازمند است که اصطلاحاً آن را اکسیر می‌نامند.
اکسیر در علم کیمیا، به منزله دارو در علم پزشکی است. جابر اکسیر را که از آن در کارهای کیمیایی خود استفاده می‌کرد، از انواع موجودات سه‌گانه (فلزات، حیوانات و گیاهان) به دست می‌آورد. او خود، در این زمینه می‌گوید: هفت نوع اکسیر وجود دارد:
- اکسیر فلزی: اکسیر بدست آمده از فلزات
- اکسیر حیوانی: اکسیر بدست آمده از حیوانات
- اکسیر گیاهی: اکسیر بدست آمده از گیاهان